Сосновые леса, произрастающие на песчаных почвах заповедника, занимают около 60% территории, следом за ними, по занимаемой площади, идут березовые леса, выросшие на местах вырубленных или сгоревших коренных лесов, еловые леса сохранились на небольших участках на северо-западе заповедника, остальную площадь занимают торфяные болота. Обширные болотные районы, составляют целую эко систему из многочисленных рек и речушек, протекающих по плоской низине в Волжско-Керженском бассейне, на территории которой и находится заповедник. Здесь гнездятся многочисленные водоплавающие, особое место среди которых занимает выхухоль, занесенная в Красную книгу.